Dois anos após a produção do MHe, a Ducati teve que lidar com um novo desafio, repensar o design da marca, juntamente com as motos que haviam feito sucesso anteriormente.

Ao longo de quase dez anos, mais de 70.000 unidades da 916 e suas derivações (748, 996 e 998) foram produzidas, o que deixou claro que substituir o ícone não seria fácil. Pierre Terblanche decidiu, portanto, desenvolver uma motocicleta "breakout" que seria completamente diferente da 916.

Assim nasceu o 999. A nova Ducati Superbike era decididamente diferente da 916, com uma nova linha, um braço oscilante, faróis duplos elipsoidais e maior conforto para o motociclista. Toda produção foi feita para entrgar uma motocicleta muito avançada em conforto, tecnologia, potência e design.

A 999 foi extramente eficaz nas pistas, assim conquistando 3 títulos de Superbike com Neil Hodgson (2003), James Toseland (2004) e Troy Bayliss (2006).

No entanto, elea permaneceu em produção por pouco tempo. Após cinco anos, foi substituído pelo 1098, que lembrava a Ducati 916.D